داستان انیمه درباره مردی جوان به نام کافکا هیبینو است که از کودکی آرزو داشت در نیروی دفاعی ژاپن ثبت نام کند، اما اکنون در شغلی دور از رویاهای کودکی خود مشغول به کار است. در این میان با وقوع حادثه‌ای غیرمنتظره، کافکا توانایی تبدیل شدن به هیولایی قدرتمند را به دست آورده و به این شکل یک بار دیگر در مسیر تحقق رویای همیشگی خود قرار می‌گیرد و ...

انیمه سینمایی در دنیایی روایت می‌شود که هیولاهای عظیم‌الجثه‌ (کایجوها) به‌طور مداوم به جوامع انسانی حمله می‌کنند. در میان نبرد میان انسان‌ها و این موجودات ویرانگر، سازمانی ویژه مسئول شناسایی، تحلیل و نابودی این تهدیدات شکل گرفته است. در دل این آشوب، شخصیتی مرموز وارد مأموریتی خطرناک می‌شود که می‌تواند سرنوشت آینده بشر را تغییر دهد و ...